La misión del Departamento Oceanografía consiste en ejecutar y promover estudios, exploraciones, trabajos e investigaciones sobre oceanografía física, geología, geofísica y química marina y toda ciencia del mar relacionada con las actividades marítimas que coadyuven al desarrollo económico y científico del país, asumiendo funciones de instituto de investigación en ciencias del mar.

En este contexto se incluyen además, servicios de apoyo al desarrollo de cartografía y otras ayudas a la navegación así como el mantenimiento de servicios públicos varios asignados al Servicio de Hidrografía Naval en el marco de la Ley 19.922, además de proveer información ambiental de apoyo a las operaciones navales y al resto del quehacer institucional.