El más importante de sus objetivos consiste en proveer seguridad a la navegación, aportando los datos necesarios para que los buques naveguen con un margen adecuado por las vías de comunicación de interés nacional.

Para tal fin, a través de la División Campañas, utiliza redes geodésicas que con técnicas tradicionales de triangulación y poligonación combinadas con tecnología satelital de avanzada, asignan coordenadas a puntos que  servirán de apoyo a los levantamientos batimétricos, líneas de base, determinación de jurisdicciones marítimas, etc.

Los datos de campo obtenidos son procesados por la División Estudios y Cálculos, que recopila informes contenidos en planos, monografías, hojas de sondaje, nivelación, taquimetría, etc., los cuales son verificados y evaluados para determinar su exactitud. Posteriormente, la División Fotogrametría se encarga de la planificación, aerotriangulación, y confección de originales de restitución de vuelos aerofotogramétricos, utilizados como base para la elaboración de la carta náutica.

Por último, la información general la recibe la División Cartografía, que confecciona, actualiza y corrige los originales para la edición de las cartas náuticas.

Paralelamente al proceso digital de la carta, se está generando la Carta de Navegación Electrónica (ENC).

Además de ser la base del producto cartográfico, las operaciones hidrográficas sirven para estudiar vías navegables, emprendimientos portuarios, obras hidráulicas y como apoyo de operaciones navales. Asimismo, tienen ingerencia directa en la determinación de jurisdicciones marítimas, dentro de los lineamientos de la Ley de Espacios Marítimos y de la Convención de las Naciones Unidas sobre Derecho del Mar.